Il accomplit cette tache en étroite collaboration avec le Comité exécutif et et le Comité scientifique. Le Secrétariat exécutif est organisé autour des trois programmes scientifiques suivants : Programme Recherche, Formation, bourses et subventions et Publications. Il comprend par ailleurs un Département administration, finances et services aux membres et un Centre de documentation et d’information (CODICE), qui appuient l’ensemble des programmes.

Chaque programme est dirigé par un responsable recruté par le Comité exécutif. Le travail des responsables de programme et de l’ensemble des autres membres du personnel du Secrétariat est supervisé par le Secrétaire exécutif. Ce dernier assure également un leadership intellectuel, collecte des fonds pour le financement des activités du Conseil, signe tous les contrats au nom du Conseil et assume des fonctions de représentation au nom de la communauté africaine de recherche en sciences sociales.

Depuis sa création en 1973, le Secrétariat exécutif du CODESRIA a été successivement dirigé par les personnes suivantes :

• 1973-1975 : Pr. Samir Amin
• 1975-1985 : Pr. Abdalla Bujra
• 1985-1996 : Pr. Thandika Mkandawire
• 1996-2000 : Pr. Achille Mbembe
• 2001-2009 : Pr. Adebayo Olukoshi
• 2009-2017 : Dr. Ebrima Sall

Depuis le 7 juin 2017, le Secrétaire exécutif du CODESRIA est le Dr. Godwin R. Murunga.

Bureau du Secrétaire exécutif

Programme Recherche

Centre de documentation, d’information et de communication du CODESRIA (CODICE)

Programme Formation, bourses et subventions

Département de l’Administration et des finances

Programme Publications

Les anciens Secrétaires exécutifs

Pr. Samir Amin (1973-1975)

Pr. Abdalla Bujra (1975-1985)

Pr. Thandika Mkandawire (1985-1996)

Pr. Achille Mbembe (1996-2000)

Pr. Adebayo Olukoshi (2001-2009)

Ebrima Sall (2009 - 2017)