L’Assemblée générale est l’organe décisionnel suprême du CODESRIA et elle est composée des membres de la communauté du CODESRIA. L’Assemblée se tient tous les trois ans autour d’un thème scientifique.
Les discussions tenues pendant l’Assemblée constituent le noyau autour duquel l’agenda intellectuel du Conseil est développé. Le président, le vice-président et les membres du comité exécutif sont élus lors de l’Assemblée générale.
Si la participation à l’Assemblée générale est ouverte à tous les membres du CODESRIA, seuls les membres institutionnels et individuels à jour de leur cotisation et en règle ont le droit de voter.